År 1391 reser den unga borgarhustrun Anne Persdotter från Lübeck till sin barndomsstad Stockholm. Anne väntar sitt första barn, och tillsammans med sin make, den mycket äldre Claus, hoppas hon börja ett nytt liv. Genom handel med stadens tyska köpmän ska framtiden tryggas. Annes drömmar slås i spillror när ett våldsamt oväder blåser upp. Det gamla Hansaskepp de färdas med förliser, och som enda överlevande räddas hon i land i Stockholms skärgård av ett fiskarpar. Deras avsikter är dolda, men snart står det klart för henne att hon svävar i fara – hon vet för mycket om det som egentligen pågår på ön. Efter att ha blivit antastad av mannen och sårat honom med ett knivhugg, flyr hon in till Stockholm. Väl framme sätter värkarna igång och under en svår förlossning föder hon en dotter. Förtvivlad tar Anne emot beskedet att barnet inte klarat sig. Men kanske borde hon inte lita på den vänliga sköterskans ord? Utan familj, och med allt hon äger liggande på havets botten, måste Anne nu bygga upp en egen tillvaro. I Stockholm styr svenskar och tyskar, men drottning Margaretas danska skepp hotar staden samtidigt som de fruktade vitaliebröderna, Östersjöns sjörövare, i hemlighet planerar en kupp tillsammans med tyskarna. Det är en osäker plats, inte minst för en ensam kvinna. Men Anne låter sig inte kuvas, hennes vilja är starkare än sorgen och rädslan. För första gången möter hon kärleken, och hon lyckas få arbete hos den stilige, tyske köpmannen Alf som tidigare samarbetat med hennes man. Lugnet blir dock inte långvarigt. Fiskaren är ute efter hämnd, och det finns personer som vill tysta henne. Sedan skeppsbrottet är hon också alltför lätt att känna igen, brännmärkt av ett tydligt ärr på halsen. Medan hennes förföljare närmar sig skakas Stockholm av våldsamma grymheter när fienden försöker ta kontroll över staden. Krig hotar och i detta kaos gör Anne allt för att överleva.
Brännmärkt utspelar sig vid tiden för de så kallade Käpplingemorden, en sann men relativt okänd händelse som i dramatik och grymhet mycket väl kan jämföras med Stockholms blodbad.
Catharina Ingelman-Sundberg är marinarkeolog, journalist och författare och känd bland annat för sina uppskattade romaner om vikingatiden. Hon har också skrivit en rad populärvetenskapliga fackböcker och är översatt till flera språk. År 1999 belönades hon med Widdingpriset.